Ученые изучают бактерии по ДНК из одной клетки

Группа из австралийских, немецких, канадских и американских биологов научилась выделять ДНК, для того чтобы прочитать геном, из одной-единственной бактериальной клетки в массовом порядке. Благодаря новому методу ученые прочитали геномы 201 вида бактерий, каждую из которых ранее не удавалось культивировать в условиях лаборатории.

Микробиологами были исследованы 9 образцов, которые взяли в различных условиях, например, из подземных вод золотой шахты, расположенной в Южной Дакоте, и гейзеров, а также из химического реактора, который находится на заводе в Мехико. Учеными были  выделены фрагменты ДНК из образцов, которые впоследствии были размножены с помощью полимеразной цепной реакции. После они были проанализированы методом дробовика, т.е. шотган-секвенированием. Все указанные этапы ранее были известны, однако ученым удалось добиться недоступного сочетания точности и чувствительности. Раньше специалисты могли читать по 1-ой клетке ДНК одного вида, а теперь речь идет о десятках видов бактерий на 1-н образец.

Благодаря прочтению геномов бактерий без культивирования микроорганизмов в лаборатории исследователи смогли определить ряд особенностей. Ученые нашли несколько бактерий, обладающих уникальными свойствами.

Согласно оценке экспертов, которые не принимали участие в новом исследовании, метод можно охарактеризовать как революционный. Большая часть бактерий не может быть культивирована в лабораторных условиях. В таком случае все традиционные методы исследования бесполезны. В результате появления методов молекулярно-генетического анализа была открыта «микробная темная материя», но без необходимого повышения чувствительности и уменьшения стоимости прочтения генома, указанные организмы остались бы недоступными для изучения.